并决定杨应能、叶希贤装扮成和尚，程济则变成道人，这三人贴身护卫建文帝，不离他左右；而另外六人负责探路，运送衣食等。第一站来到吴江县的史彬家中。当年的八月十六日，建文帝除了贴身装扮成和尚道士的三大臣陪同外，其余人都慢慢散去。十月，来到襄阳的廖平家。但很快，朱棣的密探得到风声，随后就跟了过来，建文帝和三个大臣简单商议后，便决定前往云南。
建文帝的逃亡，使已经当上皇帝的的朱棣，坐卧不安。他到处都广布眼线，发动各路人马，拼命寻找建文帝下落，其中暗中派遣一路人马，表面宣称是探访道教创始人张三丰，其实还是权力搜寻建文帝的下落。建文帝得到这个消息后，决定躲到深山里，因为那种大山里还是相对安全的地点。
永乐八年三月，朱棣又让工部尚书严震，以出使安南(即现在越南)的名义，到云南秘密探访建文帝的踪迹。说来也巧，经过严震的不断努力，慢慢逼近建文帝的藏身地点。说来也凑巧，某一天，严震竟然在山道上，和建文帝意外撞见，两人相对而泣。建文帝问他：“你准备怎么处置我？“严震回答：“皇上请便，臣自有办法”。于是就这样，严震就这样把建文帝放走了。夜间，严震在驿站里上吊自杀。建文帝见自己的行踪已经暴露，便再次躲进白龙山。
长期的野外生活，使得他身心疲惫不堪，面容憔悴、枯槁。到了夏天，又患上痢疾，但因害怕被发现，不敢出山找东西吃、更不敢去求医，有时拉的裤子都提不上，狼狈到了极点。这时，恰好有以前的大臣史彬等三人赶来照顾他，情况才得到了改善。几天后，史彬三人要离开，建文帝和他们抱头痛哭一场。建文帝还特地向三个人交代，今后不必再来了，一则因为道路艰险，二则关津盘查特别严密，容易暴露身份。
永乐十年三四月间，一直随从建文帝的杨应能、叶希贤也相继病逝，建文帝收了一名弟子，赐名“应慧”。
永乐十四年六月，建文帝脚病发作，这时，在身边的唯一一个跟着他逃亡的大臣程济，冒着危险进城卖药回来，给建文帝治疗，建文帝才痊愈。
越来越艰苦的流亡生活，使建文帝感到自己随时都会死掉，为了是自己的这段经历，不被历史湮灭，便口述流亡的经过，由程济笔录，写成《从亡传》，建文帝还亲笔写了序言，然后让程济藏在山岩中。此后几年，建文帝奔走于云南、贵州、四川之间。
永乐十八年十月，在程济的陪同下，建文帝登上了峨嵋山，赋诗一首，其中两句为：“登高不待东翘首，但见云从故国飞。”这位曾经拥有天下的皇帝，竟然落到这种地步，怎么能不感慨万千呢。
