洪武十二年，十月初，皇帝司马遹任命刘琨为征南大都督，命其领六万兵马渡江对江东王敦叛军起进攻，同时命令蜀中节度使祖约率益、梁两州厢军、府兵五万直下江陵，先逼降温羡再进逼武陵、长沙、零陵等郡。.
与此同时，司马遹还以朝廷内阁的名义要求坐镇江陵的温羡、坐镇芜湖王含、坐镇丹徒的钱凤等人立即停止抵抗并向朝廷交出兵马和地盘，以争取朝廷的宽大处理。
江左终于见识到了北地那庞大的战争机器，证实了传说中的事实。在钱凤拒绝了北地的招抚之后，东路两万厢军一路如秋风扫落叶般攻陷丹徒一线，消灭江东军一万余人，钱凤领着数千残军逃往吴郡内陆。
在解决了丹徒的守军之后，厢军继续南下兵锋直指太湖附近。终于在太湖北岸将钱凤残部给团团包围，负隅顽抗的钱凤部最后在两万厢军的雷击之下战死，其部剩余五千余人尽降。
江东驻扎在江陵的是荆州刺史温羡，他在数万朝廷大军团团包围下，还没有等到朝廷的诏书便出城投降，交出了官印和手里的兵马。驻守芜湖的王含却没有那么好说话了，作为王敦兄长他自知罪孽深重，因此在朝廷大军的包围下王含选择死守芜湖。
但是到了第五曰，司马遹让人送来了一道措词严厉的诏书，要求芜湖城内的各路人马必须听从朝廷的调度和指挥。同时伴随这道旨意一同到达的还有王衍以及王导的书信，接到王导的书信王含泪流满面地面向吴县深施一礼，然后交出了军队和芜湖城。最后他又黯然地带着家人赶往洛阳待罪。
刘琨指挥大军随即拿下了整个宣城郡，接着他将大军一分为二，西路继续南下新安郡，从侧后方包围吴兴郡；而中路则东进迂回从背后包围建康。此时的建康城早就是群龙无首，乱成一锅粥，当大家抵达建康的时候，根本没有费吹灰之力就拿下了这座江南重镇。
