王敦起兵叛乱的消息传来之后，晋王司马睿是既怒又怕。一方面他既恼怒王敦目无尊上的举动，另一方面他又害怕王敦攻破了吴县之后秋后算账。虽然有人建议他将吴县内的王家人全都诛杀以报复王敦，但司马睿思前想后还是拒绝了对方的建议。
为了抵抗王敦，司马睿只要任王导为前锋大都督，戴渊为骠骑将军、都督吴县诸军事。同时又命王廙劝止王敦，但王敦不听，更留下王廙自行任用。王敦逼近吴县时，司马睿亲自领军在城郊准备迎战。
王敦在郊外打败了司马睿的大军，然后兵临吴县城下，还没等司马睿重新布置吴县的防守，就被城内的江东士族给打开了城门向王敦投降。王敦因而顺利占据了吴县城。司马睿在王导的保护下狼狈向东逃亡。
王敦拿下了吴县之后志得意满，没有在第一时间去追捕司马睿，结果让对方顺利逃走。而王敦在吴县则放纵士卒四处抢掠，导致当地大乱，官员逃走，更是激化了他与江东本地士族的关系，毕竟吴郡吴县乃是江东本地士族的根基所在，王敦作孽吴县只能损失江东本地士族的力量。
先不说江东愈演愈烈的叛乱，单说司马睿与王导逃到海边之后，‘恰恰’被游弋在吴郡东边海域的大晋皇家海军截获。
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