直到十四世纪蒙古人崛起，在窝阔台进攻宋四川的时候，蒙古军进入了吐蕃东北部地区，征服了一些部落。后召请最有影响的宗教首领之一萨斯迦派首领萨班到凉州，议定归附条款：吐蕃各地世俗首领官仍原职;任命萨斯迦首领为达鲁花赤，赐金、银符;各地编出籍册，开列官员姓名、俗众人数和贡赋定额，由朝廷遣官与萨斯迦官员共同征收国赋。
在萨斯迦派的带动下，乌思、藏、纳里诸地归附了蒙古。其他地方仍散布着不少未降服的部落，因此蒙古继续出兵征服。忽必烈南征大理，取道于今四川西部的吐蕃之地，渡过大渡河，直抵金沙江，顺道收服了这一带的许多吐蕃部落。其后，蒙古军不断进兵朵思麻、朵甘思地区，先后把这一带零星部落收归治下。
后来忽必烈颁布藏文诏书，肯定八思巴宗教上师的地位，重申自己皈依佛法。蒙古承认并支持萨迦派在吐蕃的领袖地位并以佛教为国教，而萨迦派则承认蒙古对吐蕃的统治并接受蒙古的管辖。吐蕃的其他教派势力，也相继向蒙古统治者表示忠诚，以取得蒙古朝廷的支持。
元在西藏清查民户、设置驿站、征收赋税、驻扎军队、任命官员，并将元朝刑法、历法在西藏颁行。任用藏族僧俗担当从中央到地方高级官吏。乌思藏、朵甘等地行政机构之设裁及官员的任免、升降、赏罚，皆听命于元廷。
至元元年，忽必烈定国号为元，下诏设立总制院，掌管全国佛教事宜和吐藩地区军政事务。乌思藏、朵甘等地成为统一的多民族的大元帝国的一部分，西藏地方从此正式纳入中国中央政府的直接管辖之下。
如此而言，吐蕃已经是蒙元的属地，而今赵昺灭了蒙元，也是要继承其的国家遗产。他若是就此放弃，导致吐蕃自此分裂出去，必将被后人唾骂。可是让他现下派兵收复，那真是有心无力，且拿到手也毫无价值，更会成为国家的包袱。
“陛下，吐蕃地处偏远，物资匮乏，比之琼州还不如。且中原人对那里气候极不适应，劳师远征必会造成极大的伤亡。不若缓缓图之1陆秀夫看皇帝踌躇不语，一时间难以定夺，出言建议道。
