自曲阿云阳东向，便是连片的山坡丘陵，地势起伏极大。要在这样的地形上开凿运河并且维持下来，所耗颇巨。因而整个破冈渎水道虽然不长，但却呈梯状分段布局，并不能一以贯之。
当舟船行至梯下时，水埭开闸泄水，河道水位徐徐抬升，但却仍不能完全达到同一水平线，只能堪堪追平上段河底。舟船若直接行上，会很快陷入河底淤浆中，需要再在两岸用民夫拉纤拖曳。不只对人力的损耗极大，对于舟船的磨损也是极大。
沈哲子虽然没有统筹起力量来对破冈渎进行彻底的修葺，但随着他家在曲阿、句容两地产业增多后，针对这恶劣的水运条件也进行了一系列的改动。
如今破冈渎河道两段各备船只，不再直接拖曳舟船，船行至此后卸货重装到对面的船只上。这样一来，虽然增加了装卸工序，但却省了托运之功，也减少了船只的磨损。
为了便于装卸，运输的货品采用木材打制的小集装箱来装运，岸上有高架滑轮绞索，将这些两丈大小的木造集装箱拉吊起来。如果是惧水怕潮的货品，则转运到岸上用牛拉板车拖曳到高坡上再装运起来。如果货品并不惧水，那么直接在集装箱底部绑上充气羊皮口袋以增加浮力，直接在水面上拖曳过去。
经过这一系列的改动，破冈渎航运效率提升了数倍都不只，每天货品通行量更是大大增加。
另一方面则就是硬功夫了，在云阳开掘水道的同时，沈哲子也带领工匠民夫们掘引太湖之水，西进又修筑航埭，作为原有水埭的补充。这样一来，每年可以延长破冈渎两个月左右的通航期。
这也亏了如今左近乡土产业改革升级，不再专注于水田耕作，转为种植大量的经济作物。如此一来，便渐渐杜绝了私掘沟渠以分运河之水作为灌溉的现象，让运河水量避免了大量的消耗。
