新中国成立之初，中央与各省之间需要形成一种密切的联络机制，商讨建设立项，审批计划调拨物资的事宜，而当时的交通和通讯都不发达，地方党政领导又不能天天在京城待命，为了保持与中央的随时联络，需要一个派驻京城的办事机构，负责文件传送，沟通上下。1949年，新中国第一个驻京办——内蒙驻京办就是带着这种使命设立的。
同时，当时中国刚刚解放，各种不稳定因素依然存在，而具有民间团体性质的会馆，有些成为敌特势力潜伏的场所。1950年代后期，很多会馆的财产都遭到了没收或收购充公，取而代之的是各省区市政府驻京办事处和地市县驻京联络处。一份历史资料显示，1958年至1959年之间共有28个驻京办事处相继成立，且全是省一级的驻京机构。
然而，驻京办的发展并非一帆风顺，大动乱期间，这些机构全部被撤散。
直到改革开放以后，国-务-院恢复了各省市自治区办事处，并增设了计划单列市、大型国营工矿企业、建设兵团办事处及地市县联络处。20世纪80年代以后，驻京办的数量迅速增长，驻京办渐渐进入了繁荣期。
80年代末期，各省市纷纷设立驻京办有深刻的体制背景，其中一个就是当时的财政体制。中国1994年实行分税制，中央特别是各部委在财政转移支付资金的管理和审批上具有很大的弹性空间，一些地方政府为了寻求更多的资源，纷纷设立驻京联络机构。
据不完全统计，目前在京城，除54家副省级以上单位的驻京办之外，还有520家市级单位驻京办、5000余家县级单位驻京办。如果加上各级政府部门设的联络处、国有企业和大学的联络处，各种驻京机构超过1万家。
