4月，东京高岗北部地区再次被炸之后，接着又迎来了5月的大空袭。24日，中国又出动了1000多架飞机，对东京进行狂轰滥炸。面对数量如此之多的中国飞机，只有少量日本飞机起飞迎击，但很快都被中国战斗机击落了。看到敌机在首都上空横行，而自己却束手无策，天皇五内俱焚。
25日，华军轰炸机群向烧剩的银座、鞠町的商业区、官厅街和高岗地区住宅街一带投下了多达5000吨的燃烧弹和高爆弹。此前皇宫里的女官宿舍、半藏门、乾门和吹上院内的亭榭等处已经被烧。这一天一直受到“天照大神”护佑没有挨炸的皇城也遭到了轰炸（实际情况是中国最高统帅部一开始下令禁止轰炸皇城，禁令现在取消了）。配备在皇宫里的皇家警察、警视厅特别消防部、近卫师团和宫内省防卫团等共有3000多人参与了救火。他们奋不顾身地扑灭了周围雨点般的火团，清除了烧得正旺的木板。上午一度解除了警报，人们这才放了心，回原地休息去了。但刚过了5分钟，皇宫侍从发现正殿檐下冒烟，连忙通知警卫人员。正殿的梁柱是在回廊的内侧，对灭火带来了不便，眼看着熊熊的火焰从殿内喷出来，等做好灭火的布置时，已经没法着手灭火了。火星在空中飞舞，许多人只好拼命钻进烈火中去，把殿里的东西抢出来。
这座宫殿是从1884年起，花了五年时间修建起来的，占地18150平方米，采用了最好的柏木，方格式的天花板上描着一幅一幅的彩画，吊灯是从遥远的欧洲采购来的，每张隔窗都有一流画家描绘的花鸟画。用当时的钱来算，花费了400万日元巨资，可是，火魔却毫不留情地吞噬了这座华丽的建筑物，并沿着回廊蔓延过去，又烧掉了丰明殿和许多有历史掌故的房间。
工兵看到大火势必蔓延到后宫（天皇的起居宫），于是，将长廊用炸药从中间炸断，借以控制火势，但却根本没有奏效。几处防火用水池的水都已放干。后宫终于在大火中崩塌下来。
皇宫竣工以来的六十年，一直被视为日本进步的标志。从二重桥仰望那铜板屋顶的宫殿，在神秘的苍绿色中闪闪发光。明治以来，多少人心中燃起了对“皇恩”的感激之情。
这样的一座宫殿就在两个小时之内化为了灰烬。消防人员为保卫宫殿付出了极大的牺牲，殉职者达83人，包括消防署46人，军队14人，皇宫警察23人。
天皇在半年前就已迁居皇家书库，因此平安无事。在发出空袭警报时，天皇本人躲在书库东北100米处的地下防空洞里。防空洞挖在小山岗下，四周的墙壁厚达2米，结构十分坚固，除有55平方米的会议室外，还有几个房间。此前天皇便在这个会议室里召开过多次“御前会议”，作出了许多重要的决定。
大火烧到宫殿时，书库的值班侍从曾接到了电话，久松侍从立刻禀报天皇：“据称天花板全着了火……”话未说完，天皇的脸部肌肉变得僵硬了，象痛断肝肠似的低声喊道：“正殿着火了吗？正殿啊！那可是明治陛下精心修建起来
