《黑衣人2》的故事发生在《黑衣人》的五年之后，在成功阻止虫族得到宇宙能源“银河系”之后，k选择了退休并放弃了所有关于黑衣人的记忆，而由他亲自挑选并培养出来的j成为了黑衣人组织如日中天的高级成员，很可惜j一直没有找到合适的搭档，没有人可以分担工作上的压力让他的情绪有些狂躁。而就在j再次解雇了自己新的搭档的时候，地球又面临着一场灭顶之灾。
卡洛瑟星种族一直觊觎侵占萨塔星球，而萨塔之光则是萨塔星族守护自己星球的关键所在。25年前，萨塔星公主携带萨塔之光逃到了地球，为了避免地球卷入这场星际争斗，黑衣人k当着卡洛瑟星女王瑟琳娜的面发射了一艘宇宙飞船，并谎称这艘飞船中承载着萨塔之光，最终骗得瑟琳娜为了追逐那艘飞船而离开了地球。25五年后，发现自己上当得瑟琳娜再次造访地球，这一次不找到萨塔之光她不会善罢甘休，同时一名叫做劳拉的黑人女子也被卷入其中，并和j产生了一种莫名的感情。为了了解事情的真相，并摧毁瑟琳娜的阴谋，势单力薄的j不得不去寻找昔日的搭档k，为其恢复记忆，并再次携手为捍卫地球而战。
当k恢复记忆并说出事情真相的时候，j无法接受，因为劳拉本身就是所谓的萨塔之星，她是萨塔星的精神领袖，而瑟琳娜就是想要将其挟持来达到占领萨塔星的目的。是守护赖以生存的地球，还是选择爱情，j不得不在这两者之间做出选择……
每一次被传送进恐怖片世界之后，张程都会先这一次的新人和打量一下周围的环境，不过这一次他却迫不及待的查手表中显示的任务，而其他中洲队员基本上也都是这个动作。
主线任务：阻止瑟琳娜将劳拉送到洛卡瑟星球，如果劳拉死亡或者乘坐以洛卡瑟星球为目的地的飞船离开地球，则任务判定为失败，中洲队全体抹杀。毁灭小队将在5天之后零点进入《黑衣人2》世界，杀死对方轮回小队未解开基因锁队员奖励d级支线剧情一个，000点奖励点数；杀死对方轮回小队解开基因锁队员奖励b级支线剧情一个，5000点奖励点数。本小队杀掉对方轮回小队一人积正一分，被对方轮回小队杀掉一人积负一分，最终分数乘以2000，将是最终所得奖励点数，如最终奖励点数为负则被抹杀。
到手表中显示这一次的对手真的就是毁灭小队，张程的心中不由的一怔，中洲队的运气还真是有够糟糕，而且凑巧的是，恰恰上一次中洲队进入《黑衣人》世界的时候，也是遭遇了远强于自己的德洲队，并伤亡惨重，几乎团灭。来《黑衣人》世界对于中洲队来说还真是一处不祥之地。
还没等张程他们从不幸的消息中反应过来，突然主神的声音在众人的意识中响起。
“经查询，毁灭小队之中有三名队员为中洲队死亡队员复制体，其中一名队员为进入轮回世界十强排名，是否立刻召唤这三名队员进入本世界，60秒内做出选择，否则当做自动弃权。60、59、5……”
“这是什么意思？”张程急忙向何楚离问道，而主神倒计时的声音犹如重锤一般在敲打着张程的内心。
“我终于明白了毁灭小队会和其他轮回小队不死不休的真正原因，主神的这种安排还真是有趣啊。”虽然倒计时的声音同样在何楚离的意识中响起，可是似乎她对此并不是十分着急。
“25、24、2……”
60秒的倒计时正一点点减少，何楚离的漫不经心让张程心急如焚，他焦急的对何楚离吼道：“不管主神的这种安排有什么用意，到底怎样选择，你倒是说啊。，时间已经不多了。”
何楚离冷哼一声说道：“想必那个进入轮回世界十强排名的人就是方明的复制体，此时还没有营造足够的势，你认为只是凭借中洲队的实力，能与他对抗吗？”
“这……”张程一时无语，方明的复制体可是让当初那名同样进入十强排名的德洲队员雷奥哈德都忌惮的绝对强者，如果对手是雷奥哈德的话，相信以张程和萧怖目前的实力，两人联手的话应该可以将其战胜，可是如果换做是方明的复制体，张程就没有任何的把握了。
“、2、，时间到，取消提前传送，毁灭小队将在5天后进入该世界。”
主神的倒计时结束，中洲队最终没有选择将毁灭小队中三名中洲队员的复制体提前传送进本世界，因为就像何楚离说的那样，在没有营造足够的势之前，哪怕只是方明复制体一人，相信就算中洲队一哄而上也不可能有取胜的机会，更别说还有另外两个不知道是什么人的中洲队复制体同伙了。
了四周，这一次除了中洲队员之外，并没有其他的新人，这对于张程来说无疑是一个好消息，毕竟没有任何战斗力的新人只会成为毁灭小队屠杀的对象，除了为中洲队增添负分，没有任何的价值。
“既然可以让毁灭小队中三名中洲队员的复制体提前进入这个世界，那为什么不这么做呢？我想方明不会对中洲队下杀手的，或许我们可以像与沙俄队那样与方明他们建立良好的合作关系也说不定呢。”对于没有让方明复制体提前进入这个世界，王嘉豪表现出了些许的失望，而且他一直不相信像方明那样的人会对自己的同胞下手。
“哼，你不要天真了，你以为主神安排中洲队选择让毁灭小队的那几名成员是否提前进入意味着什么？我相信其他洲际轮回小队在遭遇毁灭小队的时候，也会出现这样的选择。主神这样安排的目的就是为了给我们一个机会，一个杀死方明复制体复活真正方明的机会，这就是毁灭小队和其他轮回小队不死不休的矛盾根源。能进入毁灭小队的队员，实力肯定不俗，这样的队员也是各个轮回小队想要复活的首要目标，可惜在这之前，他们必须先要杀死该队员的复制体，你以为让方明的复制体提前进入，他会相信中洲队只是想和他叙叙旧吗？告诉你，中洲队就是方明复制体的最大威胁，他一定会毫不犹豫的将中洲队一打尽。”
何楚离的冷言冰语摧毁了王嘉豪心底仅存的最后一丝希望。
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