据说659年，倭国派出遣唐使的目的就是为了救援百济而在外交上对唐王朝有某种牵制。这次使者还因为在大唐收集有关唐出兵百济的军事情报，而几乎遭到流刑的厄运。虽然事情日后平息，但倭国使者直到唐灭亡百济之前一直被软禁在长安。663年，倭国为援救百济在朝鲜半岛同唐朝进行了大规模的海战，即历史上白村江之战。倭国战败，撤回军队，并一直担心唐军乘胜进攻本土。因此不难看出，倭国在665年派遣的送唐使和669年派出的遣唐使带有修补唐倭关系裂痕之用心。白村江之战在唐倭关系史上意义重大，以此为分水岭，倭国开始积极输入唐朝的制度文化，迅速迈向“律令制国家”。
随着倭国在新罗战场上的失败，遣唐使的路线便避开了较为安全的北线，选择南方路线。当时船队扩大到四五艘，总计四五百人，而且多走南岛路，即从博多出发，沿九州岛西岸南下，至适当地方横渡东海，之后在长江口一带登陆，再经杭州、苏州、扬州、楚州、汴州、洛阳至长安。其成员除大使、副使、判官、录事等正式外交官员外，还有知乘船事（船长）、船舶都匠（造船技术负责人）、译语（翻译）、主神（掌祭神者）、医师、阴阳师、画师、史生（文书）、射手（警卫）等等，其不同职位类别将近30种。使团中还有意识地安插了一些围棋高手、琵琶演奏家等，以满足国际社交的需要。另外仍然有大量的留学生、学问僧随行。
最后顺便说一下南线，安史之乱后，遣唐使进入派遣的末期（777～894年）。这时的航线多走南路，即从博多出发，在今平户或五岛列岛暂泊，等待顺风起航，横渡东海，之后的路线大致同南岛路相同。组织上规模不亚于以前，但在气势上已是强弩之末。内忧外患的唐王朝失去了往日的辉煌，开放政策开始褪色，对外交往受到一定的阻碍。而倭国在大量摄取精华之后，也急需停下来加以消化，这就使唐风文化开始向国风文化过渡。到后来，甚至萌生了一种该学的东西都已吸收殆尽的思想倾向，以致倭国此时渐渐丧失了出没波涛追求唐文化的热情和锐气。一直到894年，留唐倭国僧人报告“大唐凋敝”，菅原道真上奏折建议停派遣唐使，这样，悠久的遣唐使历史就降下了帷幕。
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