尽管公廨本钱在一定程度上解决了各级官吏的俸料及办公用费的问题，减少了国家财政的支出，但是随着公廨本钱的发展，其弊端也日益突显。
弊端之一金钱本质，随着时代的发展，管理职能逐渐削弱，造成各部门各自为政，纷纷经营以自肥。
弊端之二以权谋私，唐代的公廨本钱制度开辟了商人入仕的新途径，与正常的科举取士形成了强烈的反差。只要利息不亏，在交完一年十二个月的全部息利后，捉钱令史即可参加吏部遴选，被授予官职。府史、胥士也可能在纳利满岁后得到流外官品级上的升迁。
弊端之三特权扰民，公廨钱的用意养贤之禄，国用为先，取之齐民，未为利下。何用利本息利，法商求资。皇运之初，务革其弊，托本收利，以绳富家，固乃一切权宜，谅非经通彝典。顷以州县典史并捉官钱，收利数多，破产者众。散诸编户本少利轻，人用不休，时以为便，付本收利，患及于人。
弊端之四官商勾结，许多商贾富户投身要司，置为捉钱户，与官府勾结在一起，依托官本，广求私利。通常采取的手法是把私钱放在官本之中，一同以官府本钱的名义举放，依官府之势征催息利，中饱私囊。依仗官势，横行乡里，危害非常之大，官本的举放成为社会的一大公害。
弊端之五加重剥削，巨额的息利款，不是掏捉钱人的腰包，而是劳动人民的血汗钱，这里还仅仅只是算了国家和地方给以经营的官本。而实际上还有捉钱人私添的“依托官本”的私本出举。政府收取的息利款已经相当沉重了，再加上商贾从中牟取暴利，对劳动人民的危害之大是难以计数的。
