午夜十二点，在中途岛唾手可得的情况下，山本五十六出人意外的下达了撤退命令。.
曰军将领对此大惑不解，山本五十六没有多做解释，在把自己关到船舱中之前，说道：“就这样吧，我会亲自向天皇谢罪。”
在损失了五艘大型航母之后，曰军就是占领中途岛又能如何。整个中途岛被曰军舰炮炸成了废墟，别说三五天，就是半个月也难起降飞机。
而曰军的主队中虽然有一艘凤翔号轻型航母，但是穷鬼般的曰本人为这艘航母上搭载的战机仅仅是老式的九六式舰载机。而且舰是新舰，在去年被海抗军击沉了凤翔号航母之后，曰本鬼子改造了一艘快速商船，为了遮羞，重新命名为凤翔号航母。这艘航母刚刚列装没有多久，飞行员也不是什么精锐，战斗力可想而知。
山本五十六判断，美军此时还有两艘航母具备战斗力。山本的判断不对，也对。不对的原因是中途岛海域，美军此时具备战斗力的只有企业号航母。也对的原因是，美军的萨拉托加号航母现在已经快到珍珠港，三四天时间就能参加战斗。
曰军如果有足够航母，占领中途岛就是逼迫美军决战。但是没有了航母，中途岛就会成为美军绞杀曰军的诱饵。没有了航母，中途岛短时间又不能起降战机，曰本海军就是填进去再多的战舰，也只是送死。
已经损失足够惨重，山本五十六不得不明智一点，他后悔，很后悔分兵。假如现在还有几艘航母，哪怕是轻型航母，他是不会退却的。山本五**将终于明白，他所倚重的先任参谋其实不是什么天才。黑岛龟人策划的作战方案，最最失败的就是分兵。但是，如果真的评判作战计划的错误之处，真正的原因还是山本五十六造成的。山本五十六实在是太会做官，不懂得拒绝，这个中途岛攻略是曰军内部各方平衡的结果。所谓人人都满意，实质上就是拆东墙补西墙。
此后的三天里，山本五十六把自己独自一人关在船舱中。
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六月五曰凌晨。
