南云忠一觉得非常意外，但还是能够接受这个事实：中途岛周围有几艘美军零星舰艇存在不是不可能的，而十艘军舰对于南云忠一统帅的舰队构不成威胁。于是南云的指示是：“判明敌舰种及数目”。
站在南云忠一旁边的源田实听到这个消息，心中哆嗦了一下。南云忠一身为主将，不会注意到一些细小的安排，可是草鹿龙之介参谋长可是明白的。这架里根号派出的四号侦察机实际上晚起飞了半个小时。
按说这是源田实的责任，当时他发现了利根号重巡洋舰上的侦察机因为弹射器故障推迟了起飞。就应当立刻安排其他战舰上的侦察机起飞。
但是，源田实根本就没有意识到中途岛可能有美军舰队，可能有美军航母。实际上草鹿龙之介也发现了侦察机推迟起飞，但是他也没有在意。
原因其实和源田实一样，山本五十六截留了两份重要情报，因此在所有的航空舰队军官的脑海中，根本就没有防备美军航母甚至美军舰队这个意识。
草鹿龙之介和源田实对视一眼，两人心中都有鬼，没有吭声。如果熟读中途岛海战的历史的话，就会发现。日军这架侦察机传回的情报，比起历史上还早了二十分钟。虽然这架侦察机起飞和历史上一样推迟了半个小时，但是由于搜索扇面小，效率高，因此时间缩短了二十分钟。
南云忠一在没有得到美军准确舰种的情报之前。并没有改换命令，此刻鬼子的地勤还在忙碌的更换炸弹。
战斗进行到此时。日军仍然保持着完胜的态势。击落击伤美军战机已经超过了五十架。而日军航母并没有受到什么威胁。
美军层出不穷的侦察机，使得南云忠一更加确信，这些侦察机只可能是从中途岛方向飞来的。因为到目前为止，日军发现的侦察机还都是卡特琳娜侦察机。而这一点，使得南云忠一觉得第二波打击中途岛的行动极为必要。
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七点钟，美军第十六特混编队。
在向西航行了一个小时之后。斯普鲁恩斯下令，战机起飞。
当时，第16特混编队所辖的两艘航空母舰，拥有飞机数量分别是：“企业”号79架。“大黄蜂”号79架。
上午7：02分，14架“毁灭者”式鱼雷攻击机，32架“无畏”式俯冲轰炸机在10架“野猫”式战斗机护航下，从“企业”号航空母舰上起飞；15架“毁灭者”、35架“无畏”在10架“野猫”护航下从“大黄蜂”号航空母舰上起飞。这样，总共29架鱼雷攻击机，67架俯冲轰炸机，在20架战斗机的护航下，离开航空母舰，远程奔袭敌人舰队。斯普鲁恩斯少将只留下8架“无畏”式俯冲轰炸机和36架“野猫”式战斗机来保卫自己编队的安全。
