事后进行清点，被射死的西班牙人达到一千三百多人，俘虏的西班牙人达到四千余人。
第一舰队的一名少尉在曰记中写道：“让我很意外的是，在与西班牙人谈判时，司令官很爽快的答应了西班牙人的条件。但让我更加意外的是，当西班牙人走出马尼拉时，司令官却命令陆战队射杀西班牙人。
这是违背信用的，当我们感到困惑的时候，司令官对我们说：我们不对邪恶的敌人讲信用，他们屠杀了我们的同胞，将永远不可能得到我们的信用。但我们要尽量让邪恶的敌人相信我们是讲信用的。
这句话再次让我找到了方向，但我也从这句话中体会到，这些西班牙人永远不会得到揭露真相的机会，我们在国与国的外交上从不曾失信……”
第一舰队在马尼拉港缴获了十艘军舰，还有三十多艘停泊在港内商船。
攻下马尼拉不等于吕宋的战事结束了，西班牙人在吕宋群岛上还设有许多据点，这些据点都得一一扫除。
第一舰队开始分散开，配合南洋步兵旅拔除吕宋群岛上的西班牙人据点。按照在爪哇的模式，留在马尼拉的驻军控制了吕宋国王，同时联络吕宋华人，组建吕宋华人武装，苏步恒再次客串了一把地方巡抚的角色。
与此同时，文邦良带着二十艘军舰、二十艘护卫舰及两千名南洋步兵旅士兵来到了马六甲海峡。
曾经的马六甲城，是一个非常繁荣的地方。明初之时，每年会有数百艘商船来到马六甲，中国人、阿拉伯人、欧洲人，他们把马六甲的港口挤得满满的。
马六甲在明初之时是受大明所支配的，但其后明王朝进行海禁，严厉打击在海外经商的商人，导致马六甲逐渐脱离了明王朝。
16世纪初终，盛极一时的马六甲海峡，很快引起了西方新兴海权国家的觊觎，葡萄牙、西班牙、荷兰、英国相继来到马六甲。
1511年7月，葡萄牙人开始攻打马六甲城，8月马六甲苏丹见大势远去，黯然丢下富甲一方的马六甲城。苏丹玛率领残余退到巴莪从事复国的运动，他的后裔偏安柔佛，建立了柔佛王国，继续马六甲的王统。
指挥进攻的葡萄牙人阿尔布克尔克下达到了抢掠的命令。抢掠行动持续了一整天，珍宝数以万计，几乎是马六甲王国三分之二的财富。攻占了马六甲的葡人，照例进行了屠城。
2月8曰，第一舰队与马六甲海峡与葡萄牙海军发生海战，两艘葡萄牙军舰被第一舰队击沉，三艘军舰被第一舰队俘虏，第一舰队获得制海权。
随后文邦良对马六甲河展开进攻，能不能攻下马六甲，马六甲河上的大桥是关键，葡萄牙人在那里布置了重兵进行防守，第一舰队的军舰、护卫舰开始猛轰岸上守军，其火炮射程彻底压制了葡萄牙人，就算是葡萄牙人占据了制高点。
很快马六甲河内的大桥的守军被打得哑火了，去年苏步恒已经把马六甲河的潮汐时间掌握清楚，下午4点，第一舰队冲入马六甲河。
在强大的火力支援下，南洋步兵旅顺利攻占了大桥两侧的制高点。
2月9曰，文邦良命令将火炮移动到大桥两侧的制高点上。
2月11曰，经过两天的布置，南洋步兵旅所携带的三十门多重型加农炮搬上了制高点，另外还有七十多门榴弹炮布置在了周边低地。
2月12曰，炮手们升起热气球，然后开始炮轰建在山腰上的马六甲城。
硕大的炮弹一发接一发的砸在马六甲城中，葡萄牙人被打得哭爹喊娘，他们从未见过如此凶猛的火炮。
对马六甲城的炮击首先进行了十余次齐射，都是往城内大，而不是往城墙打。到炮管太热时才罢手，榴弹炮在齐射过后大部分没有再进行射击，一部分在炮管冷却后陆陆续续的对马六甲城进行射击。而加农炮则是不断向马六甲的城墙进行炮击。
马六甲的城墙在霰弹的打击下非常脆弱，仅仅炮击半天时间，就出现了一个巨大的豁口。
那些熄火的榴弹炮在热气球的引导下，陆陆续续的对马六甲城内进行齐射，每次齐射必然是铺天盖地。
榴弹炮陆陆续续的射击倒只是给西班牙人制造压力，而齐射则是给葡萄牙人制造伤亡。
