古代劳动人民利用这些优越的自然条件，辛勤劳作，使淮河流域一度出现兴旺富有的景象。在苏州和常州等地还没有被开发出来之前”淮安府、扬州府一带，就是鱼米之乡了。“江淮熟，天下足。”“走千走万，不如淮河两岸。”等等谚语就是这种景象的生动写照。
在宋代，两淮的粮食生产，几乎占了全国粮食产量的三成以上。两淮的水稻亩产，最高已经超过三百斤。可见，两淮地区的农业，是相当发达的。然而，自从来了一个不速之客、黄河以后，两淮的农业生产”就受到了严重的影响。黄河的泛滥，给淮安府和扬州府，都带来了巨大的危害。
黄河夺淮以后”淮河上中游来水，在黄水顶托下”泄流不畅，逐渐潴积于盱眙和古淮阴城之间，使得破圣塘、白水塘、富陵湖、泥墩湖、万家湖等陵塘和小湖连成一片，扩大为浩荡的洪泽湖。一旦洪水暴涨，黄、淮交并，又把繁华的古泗州城、明祖陵和沿湖的许多村落吞入湖底。
由于黄强淮弱，黄河常倒灌入湖。泥沙淤淀，湖底日高。加上朝廷为了维持南北运河的粮运畅通，在治理黄、淮、运的策略上，采取了蓄清刷黄、引淮济运的治水方法，因而不断延长加高原来防御淮河洪水的高家堰，使之成为现在的洪泽湖大堤，洪泽湖遂成为一个著名的“悬湖”。
“倒了高家堰，淮杨不见面。，这句顺口溜可不是开玩笑的，洪泽湖高屋建瓴的形势，对整个里下河地区构成了严重的威胁。为了防止发生大面积的睡在，从明成祖朱棣时期就开始，河道衙门就积极的疏通高娜湖和邵伯湖之间的通道，以引淮入江。
然而，在正德年间，淮河洪水还是冲破蒋坝洪泽湖大堤，夺路入江，固定淮河由三河经扬州入江的流路。
事实上，黄河夺淮入海的严重后果，还不止洪泽湖一处。在淮河以北，由于黄河夺泗、夺淮，使沂水、泗水等迂回交侵，逐渐潴积形成骖马湖、黄墩湖。沂、泗洪水失去了入淮的流路，遂在骖马湖以下注入六塘河，经灌河口入海。
沐河下游则潴积成扎埠、平墩、青伊湖等串联湖泊洼地，从蔷薇河、临洪河分流入海。原淮河的入海口则形成新的黄河三角洲，海岸线从原来的云梯关附近向东延伸六十公里，成为现在的海岸线。
明代的淮安府，还没有今天的响水、滨海、射阳、大丰等城镇，海岸线靠近今天的盐城一带。正是因为黄河夺淮入海，带来了大量的泥沙淤积，逐渐的形成陆地，海岸线不断的向东扩展，最终才形成了今天的地图。根据测算，在明代以后，因为黄河夺淮入海，增加的土地面积，至少有两万平方公里以上。
黄河夺淮以后，水灾连年，严重损害了两淮农业经济的发展。由于泗水和淮河下游河床的淤高，黄河泄流不畅，连年决口，甚至改道。沂水、沐水、泗水等也因失去了入淮之路而随地漫流，演成水患，这使得水患的面积，扩展到了凤阳府等地。
“说凤阳，唱风阳，凤阳本是个好地方，自从出了个朱皇帝，十年倒有九年荒。”在这句耳熟能详的凤阳huā鼓歌词的背后，其实就隐藏着大量的水患带来的悲惨景象。凤阳府一带，干旱的时候，粮食颗粒无收，下雨的时候，洪水泛滥，同样还是颗粒无收。
当地的百姓，反复遭受旱涝灾害的影响，实在走过不下去了，只好大量的外出逃荒，四处讨饭，同时将这段凤阳huā鼓的歌词带到了全国。因为官府的治理河道不力，百姓们自然就将所有的罪过，都归咎到了朱元璋的头上。
对于凤阳府连年遭灾的情况，作为河道总督的曹文衡自然很清楚。根据河道衙门的统计，自从成祖迁都北京以后，淮河流域共发生两百五十多次较大水灾，平均下来，每年就有一次。
沂、沐、泗流域的洪灾，同样很严重，有明一代，已经发生一百八十多次较大水灾。洪水所到之处，淹没农田，吞噬村庄，甚至毁圯城郭。今灌南、涟水等临海县份，有时平池水深竟达一丈多深，连街市都能行船。
