万历二十一年甥年，日本权臣丰臣秀吉动“壬辰战争。”率军入侵朝鲜，明廷调集南北水军官兵加强海防，在登州增设副总兵，与巡察海防道分掌水军各营，归山东巡抚节制。
万历二十四年纠6年，撤销都指挥使，改设总兵，号总镇。登州备偻都指挥司署改为登州总镇府。
天启二年钮年，设登莱总兵，归登莱巡抚节制，统辖山东沿海水军各营，总兵署设在登州府城内。这是登莱总兵的设置由来。但是，到了崇祯二年,口年，为了节省费用开支，登州总镇又被裁撤。到崇祯七年,孵年，山东的局势逐渐紧张，又不得不复设登州总镇。登莱总兵，就是专门管辖登州总镇军务的。
永乐至宣德年间，为了增强海防军队的机动能力，必要时全力增援警急地段，朝廷先后在登州、文登、即墨设立了相对独立的海防机动部队，这就是号称海防三营的登州营、文州营和即墨营。
三营的士兵，全部都是招募来的战兵。官员的级别高于卫级长官。卫指挥使是正三品，各营的指挥使是从二品。军营驻地又设在所控各卫的中心地带，指挥协调及出击增援，均为便利。其中，兵力最多，战斗力最强的，便是登州营。
登州营设参将、游击各一员，负责练军队。除防守任务外，每年春秋两季还要与别处驻军轮流调往京师参加校阅。军队配以金符，如果朝廷有诏令调动，必须经省和府共同复奏，并合验金符后方可调遣。当然。到崇祯时期，不再需要前往京师了。明弘治十二年绷年，登州营归登州都司与莱州巡察兵备道共同节制。嘉靖三十四年,沥年，改莱州兵备道为登州兵备道。嘉靖四十一年,现年，登州营归登州都司与登州巡察海防道共同节制，并成为海防道中军，改称团操营。明万历二十一年,昭年，团操营分为左右二营，后又编为水军十二营。
天启年间，团操营归登莱总兵统辖。
总的来说，登莱总兵的权力，还是相当大的。水军十二营的官兵数量，差不多五万人。当然，其中肯定有很多的空额，实际的兵力可能只有一两万左右。但是，掌控的兵力越多，油水也就越多，这是作为指挥官捞私产的不二法门，所以，没有谁会戳穿这个空额。
