中央政府担心影片的731题材会伤及中国和日本两国之间的关系，牟燉芾却固执己见，他觉得拍的电影是关于过去的，这是一部真实的电影，虽然目前中国和日本的关系很和谐，但并不能改变731部队和他们所做实验的历史，之后中央政府才给他亮了绿灯。
但是问题并没有结束，下面的官员又来找我麻烦，尤其是外.交部，他们反对牟燉芾拍摄《黑太阳731》，理由是“目前中日关系良好，希望暂缓拍摄”。
别的导演遇到这样的事情可能就屈服了，但牟燉芾却很强硬，他直接质问外.交部来人，是否要给总.书记写一封信来告知这个情况，外交部那边这才无话可说。
牟燉芾花了6个月时间拍摄完成了这部电影，戏中充斥着731部队各种虐.杀中国人的惨状，为了突出真实性，牟燉芾采取了一种很不人道的拍摄手法，花了很长时间等公.安局运尸体来拍。
牟燉芾拍《黑太阳731》完全是出于一种社会责任感，要向世人揭露日军当年的罪行，但影片以完全实录的方式直接展现血淋淋的暴力兽行，还是让很多观众感到极度不适，影片在香港上映时，就有香港媒体结合牟燉芾以前的“劣迹”，批评他是在“制造噱头贩卖暴力”。
而这部电影在日本只放过一次，在一家电影院里，放过之后电影院接到了一通电话，电话威胁他们如果敢继续放映的话，电影院就会被纵火，而牟燉芾也将会有生命威胁。牟燉芾不受威胁，但是电影院方面还是终止了放映，不过戏剧性的是，这部电影片在日本的录像带市场上居然卖出了不错的销量。
《黑太阳731》拍完之后，大陆方面一直压着没让上映，搞得现在牟燉芾在很多人眼中都是一个非常棘手的家伙，找他拍戏几乎是要冒着同时得罪大陆、日本的风险，而对于只以追逐商业利益为目标的香港电影公司来说，牟燉芾更是直接被划入了黑名单。
换作是别人推荐牟燉芾，邹闻怀、何贯昌肯定想都不想就直接拒绝，但推荐人是林宥伦，两人就不得不犹豫起来。
