也就是说，南京户部实际上是北京户部的一个派出机构。但是也有一定的独立权限，比如南京户部库存北京户部无权直接调拨，只能依靠皇帝“圣裁”。
还有就是负责管理“黄册”，也就大明朝廷为核实户口、征调赋役而制成的户口版籍。不过明朝的“黄册”在洪武年后就是个形式，名义上十年一造，实际上就是抄抄写写，也没谁当真。
除了南京户部之外，南京兵部尚书只要挂上“参赞机务”的衔，就会同镇守太监、南京守备勋臣共同管理南京的全部事务。一般这三个人中，还会以南京兵部尚书为主。
所以现在南京城真正的一把手就是南京兵部尚书朱燮元，就是那个被川贵士绅军人想念了很久都没去成的护川功臣朱燮元！
而南京六部中的老二，则是那个阿谀魏忠贤太过的阎鸣泰。在朱由检上台后，他就被投闲置散，扔到南京当尚书，除了南京兵部尚书之外，其余五个南京尚书都干了个遍。
“阎尚书，”朱由检瞅着阎鸣泰，“朕看南京户部的账，简直是乱麻一团！各府各州各县的税率都不一样，而且还没什么道理......还有许多军屯的账更是糊涂！”
这明朝的税收标准就是没有标准！糊涂的很，同一个府州下面不同的县，都会有不同的标准，各县之间也经常因为怎么分摊税额而争执起来。
朱由检顿了顿，又道：“你们南京户部能不能趁着这次机会，把这笔糊涂账理理清楚？照着北直隶八府的办法来吧。先清一下田，查明数目，再分一下军、官、民田和上、中、下田......就是九个等级，每个等级定一个统一的税率。也不收米了，一律折色，折布折绢折银都可以，但是总数不能少于1000万！”
听了朱由检的话，阎鸣泰有点儿惊喜，但也有点儿害怕，“万岁爷，您让臣的户部负责清查、整理南直隶18个州府的土地和税率？”
