不过这处宽敞气派的天子居停却因为二百多年的闲置而年久失修，外围的高墙看着不错，其间却只剩下一些破烂不堪的殿宇，不大适合天子安居。
所以初入南京的朱慈烺并没有和崇祯皇帝一起入住皇城，而是将西圃和大功坊作为行宫暂居。
与此同时，朱慈烺又命令工部开始皇城修缮工程。
和以外的大工不同，这一次的皇城大工采用了公开向商人招标的办法。也不过分追求气派，只求舒适、进度和成本。而且工程款项非常充足，可以依照进度及时发放。而南京这里名园遍地，自然也不缺善于造园的工匠和商人。
因此修缮皇城的大工进度很快，到崇祯十八年春的时候，皇城的文华殿和武英殿，已经根据要求修缮完毕了。
明朝皇宫的文华殿位于皇城的东南角，本事太子东宫所在，到嘉靖年间才变成了皇帝的便殿。而刚刚修复的南京皇城的文华殿，又变回了太子东宫，是抚军太子朱慈烺居住和摄政的所在。朱慈烺的四位选侍，也和他一块儿住在文华殿。
武英殿则和文华殿向对，位于皇城的西南角，原本是供奉朱元璋画像的宫殿，现在则成了崇祯皇帝和周皇后等后妃以及两位公主的居所。
文华、武英两殿之间就是奉天、华盖、谨身三大殿。其中的奉天殿在靖难之役中被大火焚毁，华盖、谨身两殿也在正统年间遭雷击起火，虽然没有全毁，但是也残破不堪，无法修缮，必须要重建了。
