对于关税，他的办法就是从“船”不从“货”。
也就是说，税务人员不管商人运什么货，只管有几条船，有几辆车，船有多长多宽多高，然后就根据数量和尺寸收钱。
而为了方便收取关税，朝廷还应该设立江口（上海）、宁波、泉州、广州、登州等五处通商口岸，进行集中贸易。
另外，还应该在长江、运河和其它具有一定通行能力的河道上设立税关，对过往船只征收过税。过关税的征收办法也和海关税一样，从船不从货，不过税率应该比海关税低。
在关税之外，郑森还提出了“专卖”和“市税”两个概念。
其中专卖主要是盐和酒。现在盐业专卖已经开始了，在淮扬四盐总后，朱慈烺又在崇祯十七年底对鲁盐、浙盐、闽盐和粤盐的专卖权进行了发包——山东、浙江、福建、广东都有盐场，不过规模不能和淮盐相比。所以专卖权的价值也比较低，不过四省盐业一年上缴的盐税总额超过三百万两是毫无问题的。
其中鲁盐专卖所得的60万两全部由七省总督史可法支配，浙盐、闽盐、粤盐的收入则全部上缴户部（存入户部在盐商银行的账户）。所以从崇祯十八年开始，大明朝廷的盐税收入将能达到840万两，真是财源滚滚啊！
