进入六月后，江南也进入了一年雨水最多的时候，尤其的江浙地区暴雨接连不断，江河湖水暴涨，虽没有酿成大灾，但也有几处险工出现险情。赵昺一边接连下旨诏令地方统计灾情，发放赈粮，一边令沿江驻军停止对江北的袭扰，转入协助地方抗险救灾，同时派员到灾区视察，督促救灾工作。
赵昺也暂时放下手头的事情，乘船沿运河视察防汛工作，指导救灾工作，在六月底才回到临安宫中，又忙着处理了些紧要的事情，才算喘了口气。可让他失望的是刘黻举荐的陈普称自己已经老迈，且学识浅薄，难以胜任陛下重托，婉拒了出任科学院学监的职务。
不过赵昺很快得知陈普其实并非不想重新出仕，其在刘黻的力邀下也兴致勃勃的入京，但他却没有贸然答应，而是提出要先行考察一番再做定夺，刘黻答应提供方便，且派人陪同其参观了大内匠作坊，军器监所属的工坊及处于筹建阶段的科学院，当然骑兵旅的沼气系统也是必游之地。
没想到本来还颇为自信的陈普在参观完毕后，态度便逐渐暧昧起来，脸上的傲气也变成了丧气。尤其是‘拜读’了小皇帝编撰的几本有关算学的小册子，惊为天人，自己钻研了这么多年的问题，在这里只是最为普通的基础知识，而得知这还只是陛下在十几年前在崖山闲着无事的时候用于教导侍卫的时候，更是极为沮丧。
再想想在军器监看到的水利机械设备，在船场看到的一艘艘设计精巧的战船，巧夺天工的沼气系统，而自己引以为豪的漏壶简直就如同小孩子的玩具一般，陈普知道只要小皇帝愿意，就能造出比之更为精巧和准确的工具。让他更为叹服的是陛下小小年纪对于算学和自然、地理深厚理论功底，自己是拍马不及。
再三思索后，陈普修书一封给刘黻，其中除了对于小皇帝学识的钦佩外，自己也做了深刻的反省，认为他已成井底之蛙，若是担当此职才是误人子弟，实不敢赴任，只能辜负陛下的重托。之后便带着所能收集到相关陛下的‘著作’不辞而别，悄然返乡。
陈普这一走，算是又给赵昺出了个难题，自己也没打算让其搞研究，只是想找个内行来领导，可其却觉得脸上无光，自惭形秽的溜了，连个谈话的机会对没留给自己，一切又都回到了从前。他想想，当前社会可能没有人能比自己更精通了，而这些士人们又死要面子，尤其是在做学问上，干脆还是自己做吧！
赵昺知道在当下官方研究算学主要运用于天文历法的推演计算，这也算是学而致用，在宋代也不例外，算学往往与天文苑、司天监等机构融合起来。他琢磨了下，物理和化学及地理也大致能算在一个体系，于是他决定以司天监和科学院的预科班为基础组建自然天文监，以此为依托进行科学研究，并将归于内监管理，由他进行指导，同时下诏在天下征辟在这些领域有所长的能人异士，且不论出身和职业，只要有真本事就好……
