在将敌军外围据点拔除后，赵昺随即下转入第二阶段的作战。这时各部向敌境纵深渗透，摸清敌军调动和物资囤积情况，以确定敌作战方向和目标。在这个阶段，赵昺授权当面的军事主管机宜之权，在发现有价值的目标后可以不经请示批准，可以自行决定发起攻击，跨辖区的可协调友军协同作战，一切以打击敌军，扰乱其作战计划为目的。
赵昺同时强调，友军因作战而进入己方辖区，要尽全力予以配合及协助，有伤病积极以与治疗，物资需要补充不得推脱，需要配合作战要积极协调，发现遇险要及时派兵救援。对因为争功，而出现见死不救，或动作迟缓、态度消极、冷漠者严惩不殆。
通过这两个阶段的作战，各部都取得了不错的战绩。总计拔除了敌军大小据点一百多个，歼敌三千余；破坏灌溉沟渠合计二百余里，水闸、水坝一百余座。摧毁百户以上屯田点三十余，烧毁粮食十数万石，房屋上千间，打死打伤百户以下敌军数百人，杀死耕牛二百余头。
另外袭击了几个敌方物资囤积地，战果颇丰。说来敌军也是大意了，他们以为隔着长江宋军难以不知不觉的通过，且也是为了输送方便，将物资中转点设置在江河边的码头上。宋军突击队采用小型战船搭载火箭发射器的方式，通过支流，河汊渗透进去，进行远距离轰击，得手后迅速撤离，取得了不俗的战绩。
当然对于敌重要目标，各部也不惜出动大军进行强攻。雷池一战，江州动员了一个师的步军，与长江水军协同作战，在突击队的引导下强行突破江岸敌军的拦阻进入雷池，将藏于湖湾的船只和打造的木筏摧毁大半，双方激战竟日，然后在炮火的掩护下从容撤回南岸。
赵昺翻看着各处传来的战报，总体上达到了自己的目的。虽然此次己方也有损失，但是战斗发生在敌占区，对江南影响甚微。通过一系列的过江突袭、侦察作战，不仅扰乱了敌军的视线，给其造成了一定的物资损失，使其难以判断宋军的目的，更重要的是使赵昺得以从中判读出敌军此次的作战计划。这让他吃惊不小，敌军若真是在上、中、下游同时展开渡江，还真是让他有些措手不及，也出乎他的意料。
首先赵昺没有想到敌军会有胆量在水军处于劣势的情况下，进行全线出击，同时发起渡江作战；再者此次作战地域广阔，使得己方各军难以相互为援，只能各自为战；再者三路敌军相互为犄角，只要有一处突破，便能向东、向西迂回，使得整条防线动摇。好在现在判明了情况，可以有针对性的及早采取措施，弥补漏洞。
